在中国民事诉讼中，当同时起诉分公司和总公司且其住所地（注册地或主要营业地）不同时，管辖法院的选择需根据《民事诉讼法》及相关司法解释确定。

以下是关键要点和操作建议：

一、确定管辖的基本原则

1. 被告住所地管辖  

根据《民事诉讼法》第22条，原告可以选择向任一被告住所地的法院提起诉讼。若分公司和总公司住所地不同，原告可任选其一（例如选择分公司所在地法院起诉）。

2. 合同履行地或侵权行为地管辖

若案件涉及合同纠纷或侵权纠纷，还可依据合同履行地或侵权行为地确定管辖（《民事诉讼法》第24条、第29条）。

例如，若争议源于分公司签订的合同且履行地在分公司所在地，则分公司所在地法院有管辖权。

3. 协议管辖的优先性

若合同中存在有效的**协议管辖条款**（如约定某地法院管辖），则优先适用该条款（《民事诉讼法》第35条）。

二、分公司与总公司的特殊关系

1. 分公司的诉讼资格

分公司虽无独立法人资格，但依法设立并领取营业执照的，可作为民事诉讼当事人（《民事诉讼法》第51条及司法解释）。

2. 责任承担

分公司财产不足清偿债务时，总公司需承担补充责任。因此，将总公司列为共同被告有利于执行。

三、操作建议

1. 优先选择对原告便利的管辖地

若分公司所在地与合同履行地、侵权行为地重合，建议选择分公司所在地法院，便于举证和执行。  

若总公司财产更充足或所在地法院效率更高，可选择总公司所在地法院。

2. 避免管辖权争议

 在起诉状中明确列明所有被告（分公司和总公司）的住所地，并说明选择管辖法院的理由（如合同履行地、侵权行为地等）。  

若法院认为无管辖权，可能移送至其他有管辖权的法院，但原告可提前论证管辖依据的合法性。

3. 注意专属管辖与级别管辖 

不动产纠纷、知识产权纠纷等案件可能适用专属管辖，需到特定法院起诉。  

根据诉讼标的额或案件性质，确认是否符合基层法院或中院的级别管辖规定。

四、法律依据

《民事诉讼法》第22条、第24条、第29条、第35条。  

 最高人民法院关于适用《民事诉讼法》的解释（2022）第52条（分公司诉讼资格）。

五、总结

原告有权选择分公司或总公司住所地法院起诉，但需结合案件性质、合同履行地、协议管辖等因素综合判断。建议咨询律师分析案件细节，

制定最优诉讼策略，避免因管辖问题延误诉讼进程。